葡萄牙内政部2025年12月30日宣布，暂停使用针对非欧盟公民的新数字边境管理系统3个月，并立即增派人员提高边检效率，以应对入境人流积压。

综合新华社报道，内政部当日发表声明说，近期旅客入境延误的主要原因是使用新数字边境管理系统，从申根区外抵达的非欧洲旅客通关速度明显变慢。

暂停使用新系统后，非欧盟旅客从里斯本机场入境时，边境检查将暂时恢复至传统的护照读取和人工盖章模式。

近期，里斯本机场入境边检排队时长屡遭诟病，最长曾超过9小时，引发大量旅客不满。据当地媒体2025年12月30日报道，非欧盟旅客当日边检排队超过7小时，部分旅客错过转机航班，航空公司运营受损。葡萄牙航空公司协会表示，里斯本机场缺乏足够的基础设施来应对新数字边境管理系统。

据此前报道，欧洲联盟成员国2025年10月12日开始在申根区分阶段引入新数字边境管理系统，对短期过境欧盟外部边界的非欧盟公民实施电子登记，以加强边境管理和信息共享、打击身份欺诈和非法移民。

依据新规，非欧盟公民（持居住证或与欧盟公民有直接家庭关系者除外）首次进入申根区时，需在指定柜台进行电子登记，提供护照信息以及指纹、面部图像等个人生物特征信息。为加快边检流程，部分数据可经由应用程序或自助服务终端提前提交。电子登记完成后，他们在申根区内部口岸仅需进行面部信息验证即可。

英国公民如打算经多佛尔港乘渡轮、到福克斯通镇经英法海底隧道或到伦敦乘坐“欧洲之星”列车进入欧盟国家，在本国口岸即可进行电子登记。

欧盟委员会负责移民事务的委员马格努斯·布伦纳说：“这套出入境系统是我们新的、统一的欧洲移民和庇护框架的数字支柱。随着它的推出，我们正在实现对外部边界管理方式的现代化。”

按计划，一些较小的申根成员国自当日起开始全面使用这套新出入境管理系统，法国、德国等较大的成员国则先在部分口岸使用。经6个月过渡期后，新系统将于2026年4月10日全面投入使用，届时电子登记将取代护照盖章。

法新社报道，这套新系统是欧盟边境管控改革的第一阶段，下一阶段将是推出欧洲旅行信息与授权系统，类似美国向享有豁免签证待遇的海外访客推出的旅游授权电子系统。